8GB以上の比較的容量の大きなUSBメモリーや、速度の速いUSB3.0対応のUSBメモリーを使用する場合には、相性の問題を低減させるため、ファイルフォーマットを下記のようにして頂くことを強く推奨します。特にファイルアロケーションテーブルのサイズは処理時間とアクセス速度に関係があり、大きい値にすると、タイミングのずれが発生して相性問題が生じやすくなります。

・フォーマット：FAT32
・ファイルアロケーションテーブルのサイズ：32キロバイト

※「標準のアロケーションサイズ」は選択しないでください。

なお、サイズの大きなUSBメモリーを使い、UART通信でホストと通信する場合で、一度に大きなサイズのデータ(1kB以上など)を書き込んだり読み込んだりする場合には、必ずハードウエアフロー制御を行って頂けますようお願い致します。ハードウエアフロー制御をしないと、処理の遅延が発生した時、データが欠落することがあります。
ハードウエアフロー制御については下記をご覧ください。

http://www.microtechnica.tv/support/manual/usbh-acs20_handshake.pdf